Puoi eseguire il componente tunnel SSH in modo completamente indipendente, quindi puntare node-mysql (o qualsiasi altro client sql...) al tuo DB utilizzando il tunneling TCP su SSH.
Basta impostare il tuo tunnel SSH in questo modo
ssh -N -p 22 [email protected] -L 33306:localhost:3306
Lascialo in background (vedi articoli come questo per informazioni più approfondite).
Quindi invia qualsiasi client MySQL alla porta 33306 su localhost. Si connetterà effettivamente come se fossi sul tuo server remoto e utilizzando la porta 3306.
