Stavo avendo lo stesso identico problema. Esecuzione dell'kill comando ucciderebbe il processo, ma nel mio caso continuerebbe a comparire di nuovo con un ID processo diverso.
L'unico modo per capire come fermarlo per sempre era questo:
sudo stop mysql
Spero di esserti stato d'aiuto.
Fonte:http://www.itfromscratch.com/ come-fermare-il-server-mysql-percona/
