Il modo migliore per eliminare le righe duplicate da più colonne è il più semplice:
Aggiungi un indice UNICO:
ALTER IGNORE TABLE your_table ADD UNIQUE (field1,field2,field3);
IGNORE sopra fa in modo che venga conservata solo la prima riga trovata, il resto scartato.
(Puoi quindi eliminare quell'indice se hai bisogno di duplicati futuri e/o sai che non si verificheranno più).