Secondo DDC-3014 nel tracker dei problemi di Doctrine, la possibilità di specificare gli indici full-text utilizzando le annotazioni è stata implementata il 14 aprile e sarà disponibile nella versione 2.5. Se non ti piace aspettare, puoi provare a utilizzare la versione unstable, di sviluppo o a backport l'impegno implementando la funzione.
Ecco un esempio di utilizzo:
/**
* @Entity
* @Table(indexes={@Index(columns={"content"}, flags={"fulltext"})})
*/
class Comment
{
/**
* @Column(type="text")
*/
private $content;
...
}