Query di somma di MySQL che restituisce un risultato errato quando si utilizzano più join

Usa direttamente i totali perché i tuoi join stanno probabilmente creando più righe nella combinazione che desideri.

Prova quanto segue:

SELECT id, MAX(Total) as FinalTotal ,MAX(Payment) as FinalPayment
FROM si_invoices a 
    left join 
    (select invoice_id, sum(total) as Total from si_invoice_items group by invoice_id) b 
    on a.id = b.invoice_id
    left join
    (select ac_inv_id, sum(payment) as Payment from si_payment group by ac_inv_id) c 
    on c.ac_inv_id = a.id 
group by id

o se l'ID è univoco:

    SELECT *
FROM si_invoices a 
    left join 
    (select invoice_id, sum(total) as Total from si_invoice_items group by invoice_id) b 
    on a.id = b.invoice_id
    left join
    (select ac_inv_id, sum(payment) as Payment from si_payment group by ac_inv_id) c 
    on c.ac_inv_id = a.id