Troncare una tabella con Doctrine è "semplice" come:
$connection = $entityManager->getConnection();
$platform = $connection->getDatabasePlatform();
$connection->executeUpdate($platform->getTruncateTableSQL('my_table', true /* whether to cascade */));
Ma devi sapere che MySQL non sarà in grado di troncare nessuna tabella una volta che ha un vincolo di chiave esterna.