Mysql
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come gestire le connessioni ai database creati dinamicamente

Il driver MySQL JDBC consente di omettere il nome del database dall'URL di connessione come segue:

jdbc:mysql://localhost:3306

Devi solo specificare il database tramite Connection#setCatalog() o direttamente nelle query SQL. Vedi anche la sua documentazione di riferimento :

Ciò consente di creare un'origine dati in pool di connessione singola e riutilizzabile in Tomcat. Forse dovrai solo riscrivere il tuo gestore di connessione e/o le query SQL.