Fa cose strane, perché c'è un prodotto incrociato di determinate righe. Puoi usare il DISTINCT parola chiave per ottenere solo numeri di telefono univoci:
GROUP_CONCAT(DISTINCT phones.phone_number) AS phone_numbers,
Consulta la documentazione
. In alternativa, puoi ottenere i numeri di telefono in un'altra query in cui selezionare solo i numeri di telefono con una condizione come WHERE phones.user_id IN (x, x, x, ...) (x sono gli ID restituiti dalla prima query).
