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Come eseguire un backup incrementale in MySQL

Sì, si chiama backup incrementale invece del backup differenziale
(correggimi se faccio un'ipotesi sbagliata)

usa il log binario (registro sql di replica)

in poche parole, il log binario contiene l'elenco di scrivere sql (inserire, eliminare, aggiornare, modificare tabella...) ed eseguire queste istruzioni in sequenza fornirà un aggiornamento incrementale (che è ciò che fa la replica)