MySQL Workbench gira su Windows e Linux. La versione commerciale ti consentirà di eseguire il reverse engineering e modificare la struttura di un database live, con quello gratuito devi prima scaricare la struttura in un file. Il suo antenato DBDesigner è un po' più vecchio, ma non ha questa limitazione. Anche Windows e Linux.
Se questi due sono eccessivi, puoi provare con HeidiSQL , il discendente di MySQLFront. Funziona solo su Windows, ma esiste una versione alfa in esecuzione su Java.