Ho avuto lo stesso problema quando ho aggiornato il server mysql da 5.5 a 5.7 in Debian 8 (jessie). In rari casi, probabilmente succede se aggiorni direttamente bypassando le sequenze delle versioni. (Molte persone lo fanno, ma tali aggiornamenti non sono ufficialmente supportati). Nel mio caso, ha funzionato bene quando ho eseguito il comando seguente:
mysql_upgrade --force -uroot -p
Spero che questo ti aiuterà
