Non consiglierei di provare a limitare il numero di righe in una tabella SQL, a meno che tu non abbia un'ottima ragione per farlo. Sembra che faresti meglio a usare una query come:
select top 1000 entityID, entityName from TableName
piuttosto che limitare fisicamente le righe della tabella.
Tuttavia, se vuoi davvero limitarlo a 1000 righe:
delete from TableName where entityID not in (select top 1000 entityID from TableName)
