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MySQLdb Python inserisce %d e %s

Poiché l'intera query deve essere in formato stringa durante l'esecuzione della query, quindi %s dovrebbe essere usato...

Dopo l'esecuzione della query, il valore intero viene mantenuto.

Quindi la tua linea dovrebbe essere.

.execute("INSERT INTO table VALUES(%s,%s)", (int(id), string))

La spiegazione è qui