Per esperienza personale consiglio di fare entrambe le cose. Ho il backup automatico impostato su 8 giorni, quindi ho anche uno script che acquisirà uno snapshot una volta al giorno ed eliminerà gli snapshot più vecchi di 7 giorni. Il motivo è perché da quello che ho capito, ci sono alcune situazioni in cui non è possibile ripristinare dal backup automatico. Ad esempio, se hai eliminato accidentalmente l'istanza RDS e non hai eseguito uno snapshot finale, non saresti in grado di accedere ai backup automatici eseguiti. Ma è anche utile avere i backup automatici attivati perché ciò ti fornirà il ripristino point-in-time.
Spero che questo aiuti.
MODIFICA
Per rispondere al tuo commento, utilizzo una certa convenzione di denominazione quando il mio script crea le istantanee. Qualcosa come:
autosnap-nomeistanza -23-03-2012
Quando esegue la pulizia, recupera tutte le istantanee, cerca quella convenzione di denominazione, analizza la data ed elimina quelle precedenti a una certa data.
Penso che potresti anche guardare la data di creazione dell'istantanea, ma è proprio così che ho finito per farlo.