Vedi questa risposta
. Sembra che il driver MySQL dovrebbe essere in {$TOMCAT]/lib
condivisa tra le applicazioni. Verifica di non includerlo in ogni applicazione. Almeno ha funzionato per me e sono stato in grado di rimuovere l'avviso.
Se stai usando Maven, contrassegna la dipendenza come fornita.
AGGIORNAMENTO:
la causa principale è che Tomcat ha problemi a raccogliere il driver perché è registrato in un singleton comune a diverse applicazioni. La chiusura di un'applicazione non consente a Tomcat di rilasciare il driver. Vedi questa risposta
.