Troppo tardi, ma spero che possa aiutare qualcuno.
Proprio oggi cado in una situazione simile (ma in un altro contesto, stavo cercando di creare entità da db).
L'ho risolto semplicemente modificando de database_host da "localhost" a "127.0.0.1" nel file parameters.ini.
Penso che la mia istanza Mysql sia in esecuzione solo tramite TCP e non socket e poiché questo quando si utilizza database_host="localhost" non riesce.