Poiché stai utilizzando Tomcat, immagino che il modo migliore per accedere al database sarebbe scrivere un servizio web che gestisca la comunicazione tra l'app e il server.
Il servizio web verrà scritto in Java per essere eseguito su TomCat utilizzando JSP.
Immagino che tu stia cercando di comunicare direttamente con il database MySQL (ovvero eseguire direttamente i comandi SQL sul database) ma non penso che tu possa farlo (anche se non l'ho mai provato o esaminato), sono sempre stato sotto l'impressione che tu abbia bisogno di un codice sul server per stare in mezzo.
