Potresti voler dare un'occhiata a pt-online -cambio-schema dal toolkit Percona. Essenzialmente quello che fa è:
- Copia la struttura della tabella originale, esegue ALTER.
- Copia le righe dalla vecchia tabella a quella appena creata.
- Utilizza i trigger per monitorare e sincronizzare le modifiche durante la copia.
- Quando tutto è finito, scambia le tabelle rinominandole entrambe.
Funziona molto bene per i database a istanza singola, ma potrebbe essere piuttosto complicato se utilizzi la replica e non puoi permetterti di fermare gli slave e ricostruirli in un secondo momento.
C'è anche un bel webinar su questo qui .
PS:so che è una vecchia domanda, rispondo solo nel caso qualcuno la visualizzi tramite il motore di ricerca.