Un'opzione è salvare UPDATE mysql.user SET Password=PASSWORD('newpass') WHERE User='root';
in un file e quindi avviare manualmente mysqld
con --init-file=FILENAME
. Una volta avviato, il server dovrebbe reimpostare la tua password e quindi dovresti essere in grado di accedere. Dopodiché, dovresti spegnere il server e avviarlo normalmente.