Il costrutto IF/THEN/ELSE in uso è valido solo nelle procedure e nelle funzioni memorizzate. La tua query dovrà essere ristrutturata perché non puoi utilizzare la funzione IF() per controllare il flusso della clausola WHERE in questo modo.
La funzione IF() che può essere utilizzata nelle query è pensata principalmente per essere utilizzata nella parte SELECT della query per selezionare dati diversi in base a determinate condizioni, non tanto per essere utilizzata nella parte WHERE della query:
SELECT IF(JQ.COURSE_ID=0, 'Some Result If True', 'Some Result If False'), OTHER_COLUMNS
FROM ...
WHERE ...
