Come posso utilizzare l'hashing della password con PDO per rendere il mio codice più sicuro?

Basta usare una libreria. Sul serio. Esistono per una ragione.

• PHP 5.5+:usa password_hash()
• PHP 5.3.7+:usa password-compat (un pacchetto di compatibilità per quanto sopra)
• Tutti gli altri:usa phpass

Non farlo da solo. Se stai creando il tuo sale, STAI FACENDO SBAGLIATO . Dovresti utilizzare una libreria che se ne occupi per te.

$dbh = new PDO(...);

$username = $_POST["username"];
$email = $_POST["email"];
$password = $_POST["password"];
$hash = password_hash($password, PASSWORD_DEFAULT);

$stmt = $dbh->prepare("insert into users set username=?, email=?, password=?");
$stmt->execute([$username, $email, $hash]);

E al login:

$sql = "SELECT * FROM users WHERE username = ?";
$stmt = $dbh->prepare($sql);
$result = $stmt->execute([$_POST['username']]);
$users = $result->fetchAll();
if (isset($users[0]) {
    if (password_verify($_POST['password'], $users[0]->password) {
        // valid login
    } else {
        // invalid password
    }
} else {
    // invalid username
}