Aggiunta di condizioni nell'istruzione MERGE in Oracle SQL per INSERT/UPDATE

Puoi semplicemente aggiungere WHERE clausola su UPDATE . Ulteriori informazioni in Oracle docs.

Quindi nel tuo caso dovrebbe assomigliare a:

...
WHEN MATCHED
THEN
   UPDATE
   SET   tgt.column3= src.column3,
         tgt.column4 = src.coulmn4
   WHERE tgt.column3 IN (val1, val2) 
WHEN NOT MATCHED
...