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Come si esegue il mapping da e verso un tipo complesso in EF4.3 prima del codice?

Quindi, invece di GetSequence usa una proprietà:

public class InvoiceNumberSequence { 
    public string Prefix { get; set; }
    public int Number { get; set; }

    public string Sequence {
        get { retrun Prefix + Number; }
        set { // Add your parsing logic }
    }
}

E nella mappatura aggiungi:

modelBuilder.ComplexType<InvoiceNumberSequence>()
            .Property(p => p.Sequence)
            .HasColumnName("INVOICE_SEQ");
modelBuilder.ComplexType<InvoiceNumberSequence>()
            .Ignore(p => p.Prefix);
modelBuilder.ComplexType<InvoiceNumberSequence>()
            .Ignore(p => p.Number);