come interrogare la tabella di join usando l'ibernazione?

Quello che vuoi fare è creare una query digitata. Con una corretta mappatura puoi anche ottenere oggetti correlati - non c'è bisogno di interrogare tabelle di join come ORM lo farà per te:

Query query = session.createQuery(hql);
List<TestProject> results = query.list();

for (TestProject row : results) {
    //what to do here
    // do whatever you want
}

E con una corretta mappatura delle relazioni puoi ottenere relazioni come questa:

for (TestProject row : results) {
    Set<TestEmployee> employees=row.getEmployeesList();
    // do more work.
}

Per quanto riguarda i "come fare" - l'argomento è troppo ampio per trattarlo in un'unica risposta ecc. ma dovresti essere in grado di iniziare da qui - http://hibernate.org/orm/documentation/5.1/